ফজলে কবির ১৯৮০ সালের অক্টোবরে বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিসের রেলওয়ে (পরিবহন এবং বাণিজ্যিক) ক্যাডারে যোগদানের মাধ্যমে তার কর্মজীবন শুরু করেন।

পরে ১৯৮৩ সালে তিনি অ্যাডমিনিস্ট্রেশন সার্ভিসের সঙ্গে যুক্ত হন। তার সার্ভিস ক্যারিয়ার ৩৪ বছরের। এ সময়ে তিনি বিভিন্ন মন্ত্রণালয়ে কাজ করেছেন। প্রশাসনিক ক্ষেত্রে তার মাঠ পর্যায়ের অভিজ্ঞতাও রয়েছে। তিনি কিশোরগঞ্জে ডেপুটি কমিশনার ও ম্যাজিষ্ট্রেট হিসেবেও কাজ করেছেন।

তিনি শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের যুগ্মসচিব, ন্যাশনাল একাডেমি ফর প্লানিং এ্যান্ড ডেভেলপমেন্টের ডাইরেক্টর জেনারেল, বিসিএস অ্যাডমিনিষ্ট্রেশন একাডেমির ডাইরেক্টর জেনারেল এবং ২০১২ সালে অর্থসচিবের দায়িত্ব গ্রহণের আগে রেলওয়ের সচিব হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

দায়িত্ব পালন কালে তিনি বিদেশে বিভিন্ন সম্মেলনে বাংলাদেশের প্রতিনিধিত্ব করেছেন এবং দেশে-বিদেশে রাষ্ট্রীয় পর্যায়ের বিভিন্ন সমঝোতার ক্ষেত্রেও সক্রিয় ভূমিকা পালন করেছেন। তিনি ২০০৮ সালে জাতিসংঘের ফিন্যান্স এ্যান্ড বাজেট কমিটিতে বাংলাদেশ প্রতিনিধি দলের নেতৃত্ব দেন।

ফজলে কবীর চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয় থেকে অর্থনীতিতে ¯স্নাতকোত্তর করেন। পেশাগত জীবনে বিভিন্ন প্রশিক্ষণ কোর্সে অংশগ্রহণের মাধ্যমে তিনি নিজেকে অভিজ্ঞ করে তোলেন। এর মধ্যে রয়েছে পলিসি প্লানিং এ্যান্ড মেনেজমেন্ট কোর্স, বিপিএটিসির টপ কোর্স, ন্যাশনাল ডিফেন্স কোর্স এবং ন্যাশনাল ডিফেন্স কলেজ থেকে ক্যাপস্টোন কোর্স।

তিনি পাবলিক ফিন্যান্স, পাবলিক এক্সপেনডিসার এবং ডেবট ম্যানেজমেন্টের একজন গুরুত্বপূর্ণ ব্যক্তি হিসেবে বিচরণ করেছেন। বিশেষ করে ন্যাশনাল ডিফেন্স কলেজ, ন্যাশনাল একাডেমি ফর প্লানিং এ্যান্ড ডেভেলপমেন্ট, বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিস অ্যাডমিনিষ্ট্রেশন একাডেমি, পুলিশ স্টাফ কলেজ এবং ম্যাস কমিউকেশনের ন্যাশনাল ইনস্টিটিউটে তার অবদান অনেক।

ব্যক্তিগত জীবনে তিনি বিবাহিত। তার স্ত্রীর নাম মাহমুদা শারমিন বেনু। তিনিও জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয়ের অতিরিক্ত সচিব হিসেবে কর্মরত আছেন। তানভীর কবীর নামে তাদের একটি পুত্র সন্তান রয়েছে। তানভীর বর্তমানে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের আইবিএতে ¯স্নাতকোত্তর করছেন।